Németh Géza 1987-től, attól az időtől kezdve, hogy egyre nagyobb számban kezdtek Magyarországra érkezni menekültek Erdélyből, fontos szerepet töltött be megsegítésük megszervezésében. Eleinte a Csaba utca 3. szám alatti egyházi helyiségbe hívta a Budapesten tartózkodó erdélyieket, ahol szeretettel fogadták őket a Megbékélés Közössége tagjai és igyekeztek segítséget nyújtani nekik gyakorlati kérdésekben valamint lelki támogatást is kaphattak az evangélizációs estéken. Az erdélyi menekültek száma azonban egyre növekedett, hiszen mind a legálisan Magyarországra érkezők, mind az illegálisan, a „zöld határon” érkezettek között mind többen kívántak véglegesen a Magyar Népköztársaság területén letelepedni.
A segítség iránti igény tehát nagyon megnövekedett, így 1989-ben Tóth Károly dunamelléki református püspök részben állami nyomásra engedélyezte az erdélyi menekültek rendszeres segítését hivatalos egyházi keretek között. Ennek érdekében felkérte a budapesti Rákosszentmihály-Sashalmi Református Egyházközséget, hogy legyen központja a menekültek közötti szolgálatnak A püspök megbízásából Tamás Bertalan református lelkész, a Zsinati Iroda külügyi osztályvezetője és Komlós Attila református lelkész, a Reformátusok Lapja című hetilap főszerkesztője is részt vettek a menekültek közötti szolgálatban; ők az MRE által biztosított pénzbeli segélyek kiosztását intézték. A Reformátusok Lapja több ízben is beszámolt az erdélyi menekültek közötti munkáról, Németh Géza nevét azonban ezek a tudósítások nem említik meg. Nyitva marad az a kérdés, hogy Tóth Károly püspök vajon azért választotta-e azt a Pánczél Tivadart a menekültek közötti szolgálat vezetőjévé, aki Németh Gézának közismert – és a belügyi szervek által is ismert – barátja és szolgatársa volt, mert a így indirekt módon teret kívánt engedni Németh Géza további szolgálatának a menekültek között. Hiszen a sok forrásból jól értesült egyházi vezető semmiképpen nem feltételezhette, hogy épp Pánczél Tivadar nem fogja megengedni Németh Gézának a szolgálatban való részvétele folytatását.
Németh Géza tehát rendszeresen szolgált igehirdetéssel a Rákosszentmihály-Sashalmi Református Egyházközség templomában az 1989. és 1990. évben. Külön is magára vállalta a román ajkú menekültek megsegítésének feladatát. A 1980-as évek utolsó éveiben az erdélyi menekültek megsegítése vált legfontosabb szolgálati területévé. Ezáltal országosan is ismertségre is szert tett, hiszen számos alkalommal nyilatkozott a sajtónak a Romániában uralkodó állapotokról, a kisebbségi magyarság jogainak korlátozásáról és a Magyarországra menekült erdélyiekkel kapcsolatos kérdésekről. Részt vett az erdélyi falurombolások ellen megtartott nagylétszámú tüntetés megszervezésében, amelyre 1988. június 27-én került sor a budapesti Hősök terén („Erdély-tüntetés”). Egyik fő szervezője és szónoka volt az 1989. december 18-án, szintén a budapesti Hősök terén, Tőkés László temesvári lelkipásztor mellett megtartott szolidaritási tüntetésnek. A romániai forradalommal kapcsolatosan többször nyilatkozott a médiának.
A Csaba utcán, majd Rákosszentmihályon megismert erdélyi menekültek képezték az 1990-ben Németh Géza által megalapított Erdélyi Gyülekezet magját.
